Primäre Aufgabe der Wasserbehörde ist es, durch eine nachhaltige Gewässerbewirtschaftung die Gewässer als Bestandteil des Naturhaushaltes, als Lebensgrundlage des Menschen, als Lebensraum für Tiere und Pflanzen sowie als nutzbares Gut zu schützen.

Hierzu zählt unter anderem die Genehmigung und Überwachung von Gewässerbenutzungen, baulichen Anlagen in an und unter Gewässern, der Ausbau von Gewässern, die Lagerung wassergefährdender Stoffe sowie der Schutz von Überschwemmungsgebieten, der Erhalt der ökologischen Funktion der Gewässer und die Anordnung und Koordinierung von Maßnamen bei Gewässerverunreinigungen.

Eine weitere Aufgabe der Wasserbehörde ist der Bodenschutz. Dies betrifft Aufgaben nach dem Bundesbodenschutzgesetz für die Bereiche des Boden die im Bereich des Grundwassers liegen.