Zu den Aufgaben im öffentlichen Veterinärwesen gehört auch der Schutz des Lebens und des Wohlbefindens der Tiere. Hierzu überwacht der Fachdienst Nutztierhaltungen und gewerbliche Tierhaltungen. Bei möglichen Verstößen gegen tierschutzrechtliche Bestimmungen werden auch private Tierhaltungen überprüft. Ebenso werden u.a. Kontrollen von Tiertransporten, Tierveranstaltungen und Tierschauen durchgeführt. Die Mitarbeiter führen in Landwirtschaftsbetrieben umfangreiche Kontrollen zur Einhaltung von Vorschriften in den Bereichen Tierschutz, Tiergesundheit und Lebensmittelsicherheit in Zusammenhang mit der Gewährung von Direktzahlungen durch (Cross-Compliance-Kontrollen).

Wie in den übrigen Bereichen bietet der Fachdienst auch im Bereich des Tierschutzes Bürgerinnen und Bürgern Beratung zum artgerechten Umgang mit Tieren und zur artgerechten Tierhaltung an. Es besteht eine enge Zusammenarbeit mit den Tierschutzvereinen.